La Chiesa di San Giovanni di Malta è un opera di Giacomo Del Duca, allievo di Michelangelo, assieme al bellissimo palazzo del Gran Priorato dei Cavalieri di Malta, che posero a Messina la residenza del loro Gran Maestro dopo la cacciata da Rodi nel 1136, prima di trasferirsi definitivamente a Malta. Nella chiesa, sede un tempo della prima abbazia benedettina del mondo dopo quella di Montecassino, sono custodite le reliquie del santo martire messinese Placido e dei fratelli Eutichio, Vittorino e Flavia, nonché il sepolcro del grande scienziato messinese Francesco Maurolico. La struttura resistette a terremoti e bombardamenti, grazie alla sua tipologia costruttiva eseguita con blocchi di pietra calcarea di dimensioni monto piccole. Si pensa sia stata fondata da San Placido nel 540 e dedicata a San Giovanni Battista; essa fu interamente ricostruita nel 1588.
Dopo il sisma del 1908, nel 1925 la chiesa venne riaperta al culto ma del suo splendore originario resta certamente molto poco.