Il Paese di Zafferia si trova nella zona sud della città di Messina. Fa parte della II circoscrizione denominata "della Calispera". Il villaggio si trova inserito in un contesto collinare distante dal mare circa 900 metri anch'esso proprio sotto il Monte Dinnammare, cima più alta del complesso montuoso dei peloritani.

Le origini di questo casale sono legate ad un'iniziativa dell'arcivescovo Nicolò, che governò la Chiesa messinese dal 1166 al 1183. Il prelato, infatti, concesse appezzamenti di terreno a chi era andato ad abitare in quella stessa contrada. Ma a condizione che ciascuno corrispondesse in cambio frumento, orzo, ceci e lino. Fu da quel primo nucleo di case che andò sviluppandosi il casale.

Il clero greco basiliano trovò spazio e consensi necessari per assurgere ad una posizione di egemonia. E ciò portò alla devozione per San Nicola di Bari nelle due chiese a lui dedicate, sia a Zafferia che a Pistunina. Ed anche alla Madonna, chiamata con 'titoli' orientali, come Santa Sofia e dell'Odigitria, o ancora dell'Itria.

Fu nel Seicento che ai greci subentrarono i Cappuccini. Questi rimasero a ridosso del casale fino alla soppressione delle corporazioni religiose, del 1866.

Alcune ricerche danno per certo che Tommaso Cannizzaro, spirito solitario, forse austero, senz'altro romantico, passò la maggior parte della sia vita in campagna, preferendola alla città, nei suoi possedimenti di Zafferia vivendo di rendita e dedicandosi agli studi letterari che lo appassionarono sin da giovane.

Da visitare la Parrocchia S.Nicola di Bari di Zafferia che si trova nella piazza principale del paese. L'antica parrocchia di San Nicola sorgeva sul margine destro del torrente di Zafferia. La sua costruzione risale ai primi del Settecento, ma oggi è degradata e semidistrutta. Aveva tre navate ripartite da pilastri ed era ricca di opere d'arte, tra le quali la tribuna affrescata da Letterio Paladino (1691-1743), alcuni altari policromi, e decorazioni di stucchi con cherubini e motivi vegetali. Fu distrutta dal terremoto del 1908.

La nuova parrocchia sorse sul lato opposto del torrente rispetto all'antica, lì dove si è sviluppato più intensamente l'abitato di Zafferia. La sua costruzione fu causate dall'esigenza di fornire ai fedeli un luogo di culto più grande rispetto all'area in cui si sviluppava l'antica parrocchia. Di quest'ultima, la chiesa di San Nicola di Bari conserva: un altare monumentale intarsiato, dedicato a Santa Sofia, una tavola di San Nicola di Bari, realizzata nel 1601 da Giuseppe La Falce, e una Santa Sofia, di Ignoto del XVI secolo.

Sulla sponda sinistra del torrente di Zafferia sorge Villa Pennisi, costruita tra i secoli XVII e XVIII.

Anche il paese di Zafferia ha la sua fortificazione. Precisamente si tratta di una Batteria antinave, riarmata in guerra con pezzi doppiocompito lontana dal mare circa 90/100 metri. Il compito principale di tale batteria fù il controllo e difesa  del porto e della parte centromeridionale dello stretto. La batteria è stata attaccata dai velivoli angloamericani il 28 aprile 43. Dall’  8 agosto 1943 aveva il compito specifico di difendere con le proprie artiglierie, (insieme a quelle di una batteria Flak da 88), il punto d’imbarco in zona Pistunina verso Gallico (RC) e viceversa, scelto dalle truppe Italotedesche in ritirata verso la Calabria. Purtroppo, come molte fortificazioni messinesi si trova in un pessimo stato, visibile solo la postazione più in basso, le altre tre sono state spianate o interrate.

Nella  borgata di Zafferia si celebra un "Anno Santo" speciale ogni qual volta il Sabato Santo coincide con l'Annunciazione (25 marzo) si dice  per concessione fatta dal Papa Sisto IV nel 1472 a Gianfilippo De Lignamine, un medico di Zafferia che lo aveva guarito da una grave malattia.

Un altra notizia pervenutaci parla invece di Papa Urbano VI che concesse il privilegio mentre si trovava a passare per Messina nel 1385, ed ebbe bisogno di cure mediche, che un medico rimasto ignoto gli prestò. La Bolla originaria fu rubata al parroco don Mariano Guglielmo, che, per celebrare il Giubileo del 1758, dovette produrre, invece, testimoni che si presentarono perciò a un collegio di giureconsulti convocato dall’arcivescovo di Messina, Mons. Moncada. L’Archivio della parrocchia conserva documentazione dell’Anno Santo del 1690. Furono celebrati gli Anni Santi del 1769 e del 1780; poi ci fu una contesa con l'Arcivecovo di Messina, e si ricorse alla Santa Sede. Fu Pio VII che col Breve del 28 agosto 1816 che riconcesse il privilegio. L’ultimo è stato dall’ 8 aprile 1989 al 9 luglio 1990, e ce ne sarà un altro nel 2063. Giovanni Paolo II ha concesso il privilegio in perpetuo con rescritto della Penitenzieria Apostolica del 12 novembre 1988. L’Arcivescovo di Messina, l’8 aprile 1898 ha dato il nome a tale anno: Anno della Grande Indulgenza.